Alghero nasce nel XII secolo come colonia di famiglie genovesi inviatevi dalla potente dinastia dei Doria.
Il centro si sviluppò prosperoso grazie alle favorevoli condizioni climatiche e alla presenza di una rada riparata che consentiva di mettere al sicuro le imbarcazioni.
In realtà l'area era abitata fin dal neolitico antico e ciò è dimostrato anche dal ritrovamento nella Grotta Verde nei pressi di Capo Caccia di ceramiche datate 2500-2000 a.C.
Anche la civiltà nuragica ha lasciato numerosi resti. Un centinaio di nuraghi costellano infatti il territorio.
Tra questi, i complessi nuragici di Palmavera e Sant'Imbenia sono tra i monumenti nuragici più significativi dell'isola. Proprio presso Sant'Imbenia si trovano i resti di una necropoli di origine fenicia e ciò attesta la probabile frequentazione di questo tratto di costa da parte dei fenici.
Dopo la prima guerra punica, i romani si insediarono a Porto Conte.
La tesi secondo cui il nome di Alghero deriverebbe da Aliga (alga) è messa oggi fortemente in discussione.
Numerosi fattori farebbero supporre una precedente frequentazione del sito da parte di popolazioni islamiche.
Secondo i sostenitori di questa tesi, il nome "Alghero" deriverebbe da Al Giazir (porto con isola).
Più o meno come la città di Algeri sulla costa nord-africana.
È certo che il centro urbano crebbe con le prime fortificazioni costruite per volontà della potente famiglia dei Doria.
La città fu offerta dai Doria al protettorato della Repubblica di Genova e rimase nell'orbita della potente repubblica marinara fino al 1353.
Nell'agosto di quell'anno gli Aragonesi diedero l'assedio alla città.
La flotta genovese intervenne a guardia della città ma gli aragonesi prevalsero.
Dopo una sanguinosa battaglia navale nei pressi di Porto Conte, Alghero passò nelle mani di Pietro IV d'Aragona.
Nel cinquecento la città venne assumendo le caratteristiche che oggi conosciamo.
Furono edificati torri costiere e bastioni a difesa dalle incursioni dei pirati barbareschi.
La città divenne così l'avamposto militare aragonese a guardia del Capo di Sopra
(il nord della Sardegna).